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基因合成相关问题

2021-08-15 阅读(1179)

1 可以优化基因吗?

卡梅德生物可以提供密码子优化的基因,旨在满足您的确切研究规范。在确认您的订单之前,这些序列始终可供您查看,并且通常包含在项目报价中。

 

2 密码子优化如何增强基因合成项目?

卡梅德生物的密码子优化工具可以针对多个关键参数进行优化,以稳定 DNA 片段并提高基因表达效率。参数包括但不限于:

--密码子使用偏差

--GC含量

-- mRNA二级结构

--自定义所需模式

--自定义非期望模式

--重复序列(直接重复、倒置重复和二元重复)

--限制性酶识别位点(删除或插入)

请注意,卡梅德生物不能保证蛋白质的最终表达。

 

3 亚克隆和PCR克隆的区别?

这两种服务都提供从现有的模板质粒克隆插入物到不同的目的质粒。对于我们的亚克隆服务,要克隆的插入物的两侧已经有了用于克隆的限制性位点。这项服务是针对简单的限制/连接。PCR克隆服务是在克隆前需要额外的PCR步骤时提供的。例如,这可能是添加正确的限制性位点的需要。

 

4 基因重悬方案

对于重悬,我们建议采用以下方法。

--短暂离心试管以确保内容物在试管的底部

--将样品重悬于适合你需要的体积中。

--例如,20-50 µL用于~0.25至~0.1 µg/µL的无菌高纯度水

--重悬溶液取决于下游的应用--TE可能会干扰各种酶的操作

--涡旋一下,让DNA管在冰上放置2-10分钟,然后再涡旋一下

 

引物修饰常用染料的参数

染料

最大吸收波长(nm

荧光发射最大波长 (nm)

摩尔消光系数

颜色

FAM

495

520

83,000

绿色的

TET

521

536

73,000

橙色的

JOE

520

548

71,000

粉色的

HEX

520

548

71,000

粉色的

TAMRA

544

576

90,000

玫瑰

Cy3

550

570

150,000

红色的

ROX

576

601

82,000

红色的

TexasRed

583

603

107,000

红色的

Cy5

650

670

250,000

紫色

 

5 寡核苷酸如何量化?

寡核苷酸最常通过测量其在 260 nm 处的 UV 吸光度来定量。以 33 µg/ml 的浓度溶解在中性水溶液中的单链寡核苷酸在 260 nm 处的吸光度约为 1.0 AU 光密度 (OD) 单位定义为吸光度(在 1 cm 处的 260 nm 处)比色皿)乘以样品体积(以毫升为单位),因此 1 OD 单位大约是 33 µg ssDNA。

 

6 什么是合成规模和收率?

合成规模是指合成介质上游离 3'-末端的起始量,通常以 nmol 为单位,例如 25 nmol、50 nmol 等。 产量是指在所有合成和纯化步骤完成后回收的最终产物的量完全的。产量通常以 OD 来衡量,例如 3 OD、5OD 等。

 

7 得到的寡核苷酸数量是否与量表中指示的数量相同?

不。客户订购的合成规模表示开始合成寡核苷酸的 3' 碱基数量。由于寡核苷酸合成(或任何化学反应)从来都不是 100% 有效的,因此合成和纯化步骤后回收的最终产物量(产量)将始终小于用于合成的起始量。产量取决于寡核苷酸的大小、偶联效率和碱基组成。修饰、二级结构和纯化服务进一步影响最终产量。卡梅德生物提供基于所有这些因素的保证产量,这些因素定义了您收到的最低寡核苷酸数量。通常情况下,合成产生的材料比保证的最低限度多,但是,如果您的实验需要的材料超过最低限度,那么我们强烈建议您使用更高的合成规模。