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核酸适配体筛选技术问答

2024-02-07 阅读(75)

1.核酸适配体相对于抗体有何优势?

答:

适配体的筛选周期短、工作浓度低、批次差异性小、放大工艺简单、成本低、稳定易保存,并且可以常温运输,适合于毒素和低免疫原性抗原。

 

2. 磁珠方法筛选适配体,磁珠是一起加入到PCR体系中吗?对PCR的有什么影响吗?

答:

一个简单的判断是如果加到PCR mix中,肉眼不可见磁珠的颜色,影响应该是不大的,如果磁珠的量过多,肉眼可以看到mix中浑浊的颜色,那样会对PCR过程产生抑制。

 

3. 一开始没有什么引物二聚体,忽然从中间几轮开始引物二聚体特别多,连初始文库PCR出来,引物二聚体也是比较多,不知道错在哪里了?

答:

有可能后来出现了气溶胶污染。

 

4. 核酸适配体有动力学特点吗,比如高亲和力的反应速率比低亲和力的反应快?

答:

有这个特点。但是筛选中要注意的是第一轮筛选的时候,基本都是单拷贝,即使是高亲和力的也不一定保留下来,因为低亲和力的还是更多的。所以第一轮筛选建议是尽量孵育时间长一点,让能结合的尽量能结合并保留下来。

 

5.SELEX的难点在哪里?

答:

主要是难在后期的鉴定。获得文库之后并不代表实验已经成功,还需要从文库当中去找到真正能够结合的单一序列。从测序、分析、挑选系列到合成,再到后面的鉴定要重复验证,而这个过程是非常的漫长,并且后期的成本高于前期成本。

 

6.按照做抗体的方法做核酸适配体的应用为什么行不通?

答:

核酸适配体结合到表面之后,它的构象会发生改变,而这种变化就会导致它不能够再像在溶液中一样正确识别靶标分子。核酸适配体的结构的柔性比蛋白质更大,更容易发生结构的变化。

 

7. 核酸适配体与靶标相互作用的作用力是什么?

答;

适配体可以形成多种结构形状,例如发夹,凸起,假结和G-四链体。它们可通过氢键,静电相互作用,疏水作用,π-π堆积,范德华力,或这些不同的力的组合与靶分子发生相互作用。